1025 [m. 1615] senesi, Rebî’ulevvelin dokuzuncu günü vefât eyledi. Vebâ hastalığı da geçdi. Büyüklerden biri, rü’yâda gördü ki, bir ses, (Muhammed Sâdık ismini bir kâğıda yazıp, suda eritip yâhud su ile ıslatıp içen bir hasta, vebâdan kurtulur) diyordu. Bu haber memlekete yayıldı. Tâ’ûna yakalananlar böyle yapdı, şifâ buldular. Hattâ, mezârının toprağı bile, bu hastalığa fâideli oldu. İmâm-ı Rabbânî, bu oğlunun vefâtına çok üzüldü. Bir mektûbunda şöyle buyurdu: (Merhûm oğlumun vefâtı çok büyük bir musîbet oldu. O, Allahü teâlânın âyetlerinden, işâretlerinden bir âyet, bir işâret idi. Âlemlerin Rabbinin rahmetlerinden bir rahmet idi. Onun bu yirmidört sene içinde zâhir ve bâtın ilmlerinden elde etdiğini, pekaz kimseler bulabilmişdir). Dâimâ hudû’ ve huşû’ üzere olup, kendini aşağı ve kusûrlu görürdü. Allahü teâlâya inleyerek yalvarırdı. (Evliyâdan herbiri, Allahü teâlâdan birşey istemişdir. Ben tazarru’ ve ilticâyı istedim) buyurdu.

Hâce Muhammed Sa’îd “kuddise sirruh”: Hicrî binbeş senesinde tevellüd etdi. Binyetmiş 1070 [m. 1659] senesi Cemâzilâhir ayının yirmiyedinci günü vefât eyledi. Hâce Muhammed Bâkîbillah “kuddise sirruh” zemânında yaşı küçük idi. Görünüşde, huzûrlarına kavuşmadı. Fekat, Hâce: (Muhammed Sa’îd öyle bir kimsedir ki, benden gâibâne bir yolla nisbet almışdır) buyurdu. Zâhirî ve bâtınî kemâlâta yüksek babalarının huzûrunda kavuşdu. Onyedi yaşında, aklî ve naklî ilmleri ikmâl eyledi. Yüksek babası gibi, tâm âmil, takvâ ile süslü, sünnete tâm tâbi’ olup azîmet ile amel ederdi. Tatlı sözlü ve alçak gönüllü idi. Dünyâya hiç kıymet vermezdi. Hadîs ilminde sened olup, çok yüksek rütbe sâhibi idi. Fıkhda ise, tâm bir mesned idi. İmâm-ı Rabbânî, fıkh bilgileri üzerinde bir mes’eleyi araşdırmak isteyince, bu oğlundan sorardı. Verdiği doğru ve sağlam cevâblardan çok hoşlanırdı. Ona düâ ederlerdi. Babasının yüksek huzûrunda, kemâl ve tekmîl mertebelerine ulaşdı. İcâzet alıp, tâlibleri irşâd etmesi emr olundu. Âhıret işlerinde olduğu gibi, dünyâ işlerinde de, tedbirli ve ileri görüşlü idi. Şöyle ki, imâm-ı Rabbânî “kuddise sirruh”, birçok işlerde, onunla meşveret ederdi. Bâtınî ilmlerde yüksek babasının enîsi idi. Kendisine bildirilen esrârdan, pekaz kimseye bahs edilirdi. Vücûdü hasta olanlar, ondan şifâ arar, kalbi hasta olanlar, onun tasarrufu ile cem’iyyet ve huzûra kavuşurdu. Peygamber efendimizin “aleyhisselâm” vârislerinden olan Behâüddîn-i Buhârînin “kuddise sirruh”, (Biz Allahü teâlânın fadlına, ihsânına kavuşduk) sözü, onun hâline uygun idi.

İmâm-ı Rabbânî “kaddesallahü teâlâ sirrehül’azîz” buyurdu ki: (Muhammed Sa’îd, ulemâ-i râsihîndendir.