Hıristiyan İspanyollar, görülmemiş bir vahşet ile müslimân ve yehûdîleri yok etdikden sonra, bu şâheser câmi’i yıkmağa başladılar. Önce minârelerdeki altın ve zümrüdle işlenmiş nar şeklindeki başlıkları indirerek yağma etdiler. Bunların yerine âdî taşdan yapılmış, güyâ melek şeklinde çirkin başlıklar koydular. Tavandaki o haşmetli, güzel tahta süsleri sökdüler. Yerdeki güzel mermerleri kırıp parçaladılar. Yerlerine âdî taşlar dizdiler. Dıvarlardaki bütün güzel süslemeleri yerle bir etdiler. Sütunları yıkmağa çalışdılar. Fekat, ancak bir kısmını devirebildiler. Geri kalan sütunları âdî kireçle badana etdiler. Yıkılan sütunlar, yüzlerce idi ve câmi’in içinde büyük bir mermer yığını hâlinde serilmiş, kalmışdı. 20 kapıdan çoğu taşlarla örülerek kapatıldı. Nihâyet, en son bir vahşet eseri olarak, 929 [m. 1523] senesinde câmi’in içine bir kilise yapmağa karâr verdiler. Bunun için, o zemân İspanya ve Almanya İmperatörü olan 5. ci Karlosdan [ya’nî Almanya imperatoru beşinci Charles Quint’den (906-966 [m. 1500-1558])] izn istediler. Charles Quint, bu teklîfi evvelâ red etdi. Fekat, müteassıb kardinaller onu mütemâdiyen sıkışdırıyor, din uğruna bu işin muhakkak yapılması îcâb etdiğini savunuyorlardı. Bunların başında çok büyük nüfûzu olan kardinal Alonso Maurique bulunuyordu. Bu kardinal, aynı zemânda papayı da bu iş için kandırmışdı. Papanın da câmi’in kiliseye çevrilmesini arzû etdiğini gören Charles Quint, bu işe muvâfakat etmek zorunda kalmışdı. Kilise yapmak için, birçok sütunlar dahâ yıkıldı ve câmi’de kalan sütun sayısı 812 ye kadar düşdü. Ya’nî, en azdan 600 kıymetli mermer sütun yıkıldı. Yapılan kilise, câmi’in ortasında haç şeklinde 52×12 metre eb’âdında çirkin bir binâ olarak kendini gösterdi. Charles Quint, bizzat Kurtubaya gelerek bu kiliseyi gördü. Çok üzüldü, (Yapdığınız vahşeti görünce, size bunun için izn verdiğime çok pişmân oldum. Dünyâda bir benzeri bulunmayan, bu güzel eseri böylece tahrîb edeceğinizi bilseydim, size müsâ’ade etmez ve hepinizi cezâlandırırdım. Yapdığınız bu çirkin kilise, eşi her yerde bulunan âdî bir binâdan ibâretdir. Hâlbuki, bu haşmetli câmi’in bir nazîrini yapmak imkânı yokdur) dedi. Bugün bu haşmetli binâyı ziyâret edenler, harâb olmasına rağmen, İslâm mi’mârîsinin bu büyük eserinin güzelliği, büyüklüğü karşısında hayrân kalmakda, ortada bir cüce gibi görünen kilisenin hâline acımakda ve böyle bir haşmetli eserin bu hâle gelmesine müteessir olmakdadırlar.) Spaneienden terceme temâm oldu.